神奇寶貝世界原來是個和平的地方，可是，由于神獸烈空坐橫行霸道，帶動固拉多和蓋歐卡一起霸占一方，神奇寶貝們苦不堪言，這時，一位少年站出來，踏上了和神獸抗爭的旅途。它，就是皮卡丘。

第一章：到達火之村

皮卡丘出發前，村長電龍給了它音速拳的秘籍，說：“你到了火之村，過了森林就到了草之村，那里的村長喇叭芽長老會給你一個袋子，記住，只有使用了袋子里面的東西后才能使用秘籍！”“知道了！”皮卡丘回答。皮卡丘離開電之村，走了很久，不知不覺地睡著了。

第二天，皮卡丘發現自己已經在火之村里了，這時，房門開了，進來一只小火龍：“嘿，睡得香嗎？昨天我發現你睡在路上，就把你帶回了家。”皮卡丘還沒來得及說話，一個聲音打破了寧靜：“村長，你給我滾出來！你敢和我決斗嗎？”原來是噴火駝在叫罵。村長九尾走了出來：“你怎么又來了，真是自不量力！”“我就這樣，怎么了？”噴火駝瞪了村長一眼。“接招，巖崩！”這時，所有的石頭打向噴火駝，效果不一般！“啊！可惡，我一定會回來的！”噴火駝跑開了。壞人被趕走了，村民們一陣歡呼。離開火之村前，小火龍問皮卡丘：“我能和你一起走嗎？”“當然可以！”皮卡丘笑著說。村長給了小火龍一盤秘籍，說：“你也長大了，給。這是不變的秘籍。”于是，皮卡丘和小火龍踏上了去草之村的旅途。

第二章：森林里的強盜

皮卡丘和小火龍走了一天，都不見草之村的蹤影，因為它們在森林里迷路了。這時，從樹上竄下來一只狡猾天狗和一群長鼻葉，它們大叫：“過路留下買路錢！”小火龍走上前，摸著狡猾天狗的額頭說：“沒發燒啊，你們草系怎么可能對付我們火系呢？”“有本事你就來啊！”狡猾天狗挑撥小火龍。“看招，火花！”小火龍把火花吐向狡猾天狗。“兄弟們，出招，巖石封閉！”成群的巖石擋住了火花，砸向了小火龍，效果不一般！“啊！可惡！再來一次。”結果和上次一樣，怎樣才能打破這些巖石呢？突然，小火龍好象想到了什么。它拿出秘籍，裝在身上，沖向狡猾天狗它們，狡猾天狗看它又沖過來了，又使出了巖石封閉。“看招，不變！”一眨眼，巖石被打碎了，灰塵滿天，突然又亮光四射。皮卡丘剛睜開眼睛，看到的是：“小火龍？”不，站在眼前的是，火恐龍。“噴射火焰！”火恐龍從嘴里吐出熾熱的火焰。“大人，小的以后再也不敢了!”狡猾天狗跪地求饒。“告訴我去草之村的路，不然的話，哼哼……”“是，從這里直走就到了。”“走吧，皮卡丘。”它發現，皮卡丘呆呆地站在那里，眼睛都發直了。終于，它們來到了草之村。

第三章：大針蜂的陰謀

皮卡丘它們到了草之村，發現村民已經在熱烈地迎接它們了。它們一進村長家大門，就發現時間已經是晚上六點，在與喇叭芽長老共進晚餐時，皮卡丘問村長：“長老，村長告訴我您這里有一個袋子，現在能給我了嗎？”“先吃晚餐吧。”村長說。皮卡丘還沒有吃上一口，巨大的嗡嗡聲傳遍了整個村子。“不好，是大針蜂那群土匪來了！”村長大叫。“怎么回事？長老。”皮卡丘問。“自從固拉多摧毀蟲之村之后，它們就一直來這搗亂，想把這里變成新的蟲之村。”這時，大針蜂沖進來，抓起村長，扔到外面，說：“想讓村長活命，就別輕舉妄動，否則……”“不要管我，打敗這些家伙。”村長說。“長老！”皮卡丘眼里泛起了淚珠。“給你，這是你們村長叫我交給你的袋子。”村長說著扔出一個袋子。“老家伙，還敢做小動作。”大針蜂說著使出了毒針。“啊……戰斗……”村長永遠地閉上了眼睛。皮卡丘立刻打開袋子，一塊金黃的、刻著閃電的石頭出現在眼前，皮卡丘顧不上這么多了，拿起它放在胸前，石頭融入了它的身體里，它又拿出秘籍，裝在身上，忽然覺得身體里有一種還沒有爆發的力量。它對火恐龍說：“想不想給這些土匪一拳？”“求之不得！”火恐龍大叫。“不變！”“音速拳！”兩只大針蜂被打了下來，皮卡丘發現，火恐龍長出了翅膀……它已經是噴火龍了。“小鬼們，我們會再來的，給我記住！”大針蜂頭領帶著大針蜂們狼狽地逃走了。村民們歡呼起來，可是，皮卡丘卻怎么也高興不起來。因為村長永遠地離開了它們。皮卡丘問村民們：“剛才的那塊石頭是什么？”“那是雷電石，專門給你這種獨特的神奇寶貝進化的。”這時，皮卡丘才發現，它不是皮卡丘了，它是一只雷丘了。這個時候，一只木守宮走過來，說：“長老說我長大了，要我和你們一起旅行。”“那我們走吧。”“下面一個村叫大地村，我帶你們去吧。”于是，它們往大地村進發。

第四章：突擊，地鼠洞穴

雷丘它們正在前往大地村的路上，突然，它們掉進了一個洞穴。“哎喲，摔死我了。”雷丘抱怨。“這里是什么地方？”噴火龍問。“這里好象是地鼠洞穴。”木守宮回答。突然，冒出了一只三地鼠和一大群地鼠：“你們敢侵犯我們的地盤？”“等等，我們馬上出去。”雷丘回答。“不行，現在就出去！”三地鼠怒吼。“敬酒不吃吃罰酒，種子機關槍！”木守宮大叫，成群的種子打向三地鼠。“兄弟們，挖洞！”三地鼠帶領地鼠們拈入地中，種子機關槍沒有打中它們。“到哪里去了？”木守宮疑惑地看看四周。“流沙地獄！”三地鼠像蟻獅一樣制造了一個巨大的“陷井”，木守宮陷了進去。“哈哈哈哈，”在木守宮下陷的一瞬間，“劈開！”“啊，你們不用插手，我自己來打敗它，刀葉！”只見木守宮頭上長出了葉子，它進化成森林蜥蜴了。“啊，別打了，我送你們上去。”三地鼠求饒。終于，它們被送到了大地村。

第五章：對戰尼多王

雷丘它們到了大地村，見到了村長尼多王。它們發現，村長家里還有一只無殼海牛，雷丘問村長：“這只無殼海牛是水系的，為什么會在大地村？”“因為我們認為它會進化成水加地面系的海蝸牛。”村長回答。吃完午飯，雷丘問村長：“我們現在可以出村了嗎？”“你們要去干嘛？”“去打敗固拉多。”“不行，沒有固拉多大王的命令，誰也不許去陸地洞窟！”“那我只能打敗你再去嘍？”森林蜥蜴說。“來吧，我可不會手下留情！”“看招，刀葉！”“別忘了，我可是毒加地面系的，毒炸彈！”成群的毒液擋住了刀葉，效果不一般。“啊！可惡，讓我想想，喇叭芽長老生前教我背過的屬性知識……”森林蜥蜴開始冥想。“我們先替它頂一下。”雷丘說。“也好。”噴火龍回答。“伏特攻擊！”“爆炸燃燒！”“雕蟲小技，地震！”噴火龍還可以忍住，可是，對于雷丘來說，效果不一般！“我知道了，巖克毒。”森林蜥蜴想到了。森林蜥蜴又沉思了一會兒，然后馬上使出了絕招：“巖石威力！”一個巨大的巖石球砸向了尼多王，效果不一般。“嗯……不錯！可以過去了。”尼多王說，“不過，把無殼海牛也帶走吧！”臨別前，尼多王給了無殼海牛一盤秘籍，說：“這盤秘籍給你，不過，現在還不能看。”雷丘它們向著陸地洞窟前進。

第六章：決戰固拉多

雷丘它們打敗了尼多王，來到了陸地洞窟所在的煙囪山，它們剛爬上了第一層，大鋼蛇就對它們發起了攻擊：“沙雹！”頓時，黃沙彌漫，噴火龍說：“我的屬性克到它，我留下來對付它。”到了第二層，地面上不斷地出現大顎蟻，使用咬碎摧毀上面的一切。“我用巖石威力送你們過去，我在這里對付它們。”森林蜥蜴說。第三層，雷丘發現，固拉多就在面前。先看看第一層，大鋼蛇對噴火龍使出了鐵尾，噴火龍迎面而上，使出了爆炸燃燒，啊~哦~，引起的爆炸使它們兩個都掉到山谷里去了，還好噴火龍會飛，不然就慘了。再看看第二層，森林蜥蜴快多了，使用刀葉直接掃平了這些家伙。“小鬼們，你們終于來了，接招，暴烈鉗！”固拉多對雷丘發起了攻擊，這時，巖石威力擋住了暴烈鉗，原來是森林蜥蜴和噴火龍來了。“看我的，刀葉！”森林蜥蜴先發制人。“你以為這就對付得了我？大字爆！”巨大的火焰擋住了刀葉，效果不一般！“啊！我不行。”“那我來，急凍光線！”無殼海牛吐出了冷凍光束。可是，光線一打在固拉多身上，結的冰立刻就化了。“哈哈，就這點小技倆是奈何不了我的！”固拉多笑道。無殼海牛立即拿出秘籍裝在身上，然后沖向固拉多。“別去！急凍光線對它沒有用！”雷丘叫道。“沒事，因為我要使出更大的絕招——絕對零度！”“啊！”固拉多被冰封了起來，忽然，冰碎了，又亮光四射。雷丘發現，無殼海牛進化成了乘龍。“不錯！我甘拜下風！”固拉多認輸了，“要去打敗蓋歐卡，得去水之村，要去水之村，我送你們一程，地裂！”地面裂了開來。雷丘它們掉進了地洞，它們醒來時，已經被三地鼠送到了離水之村不遠的地方，它們向著水之村前進。